의무고발요청 제도는 공정위가 공정거래 위반행위에 대해 검찰에 고발하지 않더라도 중기청, 조달청, 감사원 등이 고발을 요청하면 공정위가 검찰에 의무적으로 고발하는 제도. 그간 공정거래 관련법 위반에 대한 고발률은 1.4% 수준에 그쳐 기업의 불공정거래 행위 차단에 미흡하다는 비판이 제기돼 왔다. 공정위의 최근 5년간 고발조치 실적은 1만2966건 중 177건에 그쳤다.
중기청 등 기관은 업무협약에 따라 사건 검토에 필요한 자료를 공정위에 요청할 수 있고, 제도의 운영 발전을 위해 중기청, 공정위, 조달청 간 협의체를 운영하고 있다. 의무고발 요청의 구체적인 절차는 공정위가 검찰에 고발하지 아니한 사건을 중기청에 통보하면, 중기청이 해당 사건이 중소기업에 미친 피해 정도나 사회적으로 미친 파급효과를 고려해 공정위에 고발을 요청, 공정위는 별도의 검토 없이 검찰에 의무고발하게 된다.
중기청은 고발 요청의 공정성 확보와 고발 결정으로 인한 경제적 파급효과를 감안해 외부 전문가로 구성된 심의위원회를 두고 고발 여부를 결정할 예정이다.
